ストーリーでX版だとゼルネアス(Lv50)、Y版だとイベルタル(Lv50)を捕獲することになる。
捕獲難度はそこまで高くなく、ハイパーボールで簡単に捕まえられる。
殿堂入り後に野生のポケモンの出現する場所(草むら、海など)で、まれに徘徊している3鳥とエンカウントします。
ただし、戦闘開始と同時に逃げられてしまいます。
その後もエンカウントしても逃げられてしまいますが、合計11回エンカウントすると、アズール湾の小島の海神の穴に移動するので、そこで捕まえることができます。
ハリマロンではフリーザー
フォッコではサンダー
ケロマツではファイヤーがそれぞれ出現します。
ミュウツー捕獲後、そばに落ちているメガストーン「ミュウツナイト」も入手出来る。
15番道路にある荒れ果てホテルの動くゴミ箱を調べると出現する。
ヤブクロンが出現するが、火曜日限定でロトムが出現することがある。